toHaveProperty
предназначен для проверки путей на простом объекте JavaScript. Нет никаких встроенных сопоставителей (о которых я знаю), которые специализируются на объектах Map, поэтому я бы порекомендовал сделать что-то вроде этого:
expect(myMapObject.has(key)).toEqual(true)