Вы можете использовать библиотеку Microsoft Accelerator . Это дает вам доступ к графическому процессору через .NET.
После изучения работы, требующей большего, это довольно нетривиальная вещь (если вы не любите переписывать алгоритмы AES). Это возможно однако.
Там могут быть и другие API C #, но я сталкивался с Bouncy Castle API . Что вам нужно сделать, это взять Microsoft Accelerator API и использовать его везде, где выполняется математическая операция в исходном коде алгоритма AES.