Поле FileField - это просто сутенер CharField, обычно сохраняющий путь (в зависимости от хранилища). Узнайте, какой путь должен быть сохранен для ваших загруженных файлов (например, из других файлов, загруженных через ваше приложение). Вы можете получить необработанные значения, используя values_list:
Model.objects.filter(pk=known_instance.pk).values_list('file_field_name')
и установите его непосредственно для загруженных вручную файлов:
instance.file_field_name = 'required/raw/value/for/resource'
instance.save()