Хитрость заключалась в том, чтобы сохранить родительские элементы div как есть, что по умолчанию установило их в position: static, и назначить всем дочерним элементам div любое свойство position, НО position: static, чтобы значения z-index вступили в силу. Родительские z-индексы имеют приоритет, но игнорируются при назначении статического свойства позиции. Надеюсь, я правильно понял, и это кому-нибудь поможет.
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="ie=edge">
<title>Document</title>
<style>
body {
font: normal 16px/1.5 "Helvetica Neue", sans-serif;
padding-top: 50px;
}
.menu{
position: static;
top: 0;
left: 0;
width: 100%;
height: 100%;
background: rgba(52, 59, 62, .9);
}
.box {
font-size: 2.5rem;
width: 100px;
line-height: 100px;
text-align: center;
}
.menu .box {
margin: 20px auto;
}
.main {
display: flex;
justify-content: center;
max-width: 600px;
margin: 0 auto;
border: 1px solid #ccc;
padding: 20px 0;
}
.main .box:first-of-type {
margin-right: 10px;
}
button {
display: block;
position: relative;
z-index: 1;
cursor: pointer;
padding: 5px;
margin: 50px auto;
max-width: 150px;
font-size: 1.1rem;
}
.yellow {
position:fixed;
background: yellow;
width:10%;
top:150px;
left:45%;
}
.yellow_2 {
position:fixed;
background: yellow;
z-index:1000;
width:10%;
top:0;
left:45%;
}
.green {
background: green;
z-index:100;
}
.red {
background: red;
}
.green_2 {
background: green;
z-index:-100;
}
</style>
</head>
<body>
<div class="menu">
<div class="box yellow">1.1</div>
<div class="box yellow_2">1.2</div>
</div>
<div class="main">
<div class="box red">2</div>
<div class="box green">3</div>
</div>
<div class="main">
<div class="box red">4</div>
<div class="box green_2">5</div>
</div>
</body>
</html>