Самый простой способ - это проверить имя файла в реализации вашего правила, вы можете сделать что-то подобное в своем правиле
@Override
public List<Issue> scanFile(TreeVisitorContext context) {
JavaScriptFile jsFile = context.getJavaScriptFile();
if (jsFile.fileName().equals("file.js")) {
addIssue(context.getTopTree(), "Issue on specific file.");
}
return super.scanFile(context);
}