Не знаю, стоит ли здесь писать собственный FTP-сервер.
Не проще ли установить предварительно свернутый FTP-сервер и получить задание, которое опрашивает ваш каталог загрузки FTP? Это задание будет определять входящие файлы, а затем размещать их там, где вам нужно, на основе набора предопределенных правил.