Это функция вашего оконного менеджера. Изменение этого поведения варьируется от одного WM к другому. Большинство, если не все, будут вести себя так, как вы описываете с новыми окнами. Если вы просто хотите сделать это с конкретным новым окном, которое вы создаете, вы можете попробовать установить тип на что-то, что обычно не фокусируется (например, _NET_WM_WINDOW_TYPE_TOOLTIP), но тогда вы можете не получить украшения или что-либо еще. Вы также можете посмотреть, какое окно в данный момент имеет фокус клавиатуры перед отображением, а затем изменить его обратно после сопоставления. Могут быть и другие решения, в зависимости от того, что именно вы хотите сделать.