для, сделать, сделал применение в конвертировать TXT в формат Биом в Linux

Question

У меня есть папка с номерами файлов txt, я хотел бы применить цикл for do do для преобразования их из файлов txt в biom, вот что я сделал:

for txt in folder/*.txt
do biom convert -i $txt -o *.biom --to-hdf5
done

но я получил объединенный файл биомов.

Как я могу изменить мой код выше, изменив несколько текстовых файлов на биом-файлы, не меняя исходного имени файла?

как: test.txt до test.biom

Answer 1

Следующие действия должны помочь (при условии, что в именах файлов теперь есть пробелы):

for txt in folder/*.txt
do biom convert -i $txt -o  ${txt%.txt}.biom --to-hdf5
done

Подстановка bash ${txt%.txt} удаляет .txt переменной, и в конце мы добавляем .biom.