Да, похоже, что актив должен быть из основного комплекта, инициализатор UIApplicationShortcutIcon не позволяет указать Bundle, а документ говорит:
Имя пользовательского изображения в каталоге ресурсов приложения. Если изображение отсутствует в каталоге ресурсов вашего приложения, этот метод ищет изображение в пакете приложения.
И из моего теста это выглядит так, как будто актив должен быть из основного пакета.