Мой первый ответ на вопрос, почему услуга? Но что еще более важно, вопрос заключается в том, почему бы не использовать мощный планировщик, предоставляемый операционной системой?
Тем не менее, служба Windows - это всего лишь поток, в котором запускается ваше приложение. Вы можете отправить его в две части, первая - это сама служба, которая выполняется по таймеру. Запуск службы может проверить значение реестра, чтобы определить, как часто он должен выполняться.
Второй частью службы будет маленькое приложение для Windows, которое позволит пользователю установить расписание и, конечно, записать его в ранее указанное значение реестра.
Никакого специального API вам не нужно.