Похоже, ggplotly () добавляет строки в столбчатые диаграммы с накоплением - PullRequest
Новая
       26

Похоже, ggplotly () добавляет строки в столбчатые диаграммы с накоплением

0 голосов
/ 04 ноября 2018

, поэтому я работаю над проектом RShiny с использованием пакета Phyloseq. Я хотел бы сделать свои графики более интерактивными с помощью функции ggplotly (), однако каждый раз, когда я ее использую, мне кажется, что она изменяет мои графики и включает белые линии в столбчатые диаграммы с накоплением, делая вывод неправильной информации.

Пока мой код: 

library(devtools)
library(phyloseq)
library(dplyr)
library(ggplot2)

cbPalette <- c("#556270", "#4ECDC4", "#C7F464", "#FF6B6B", "#008DD5", 
"#379F7A", "#78AE62", "#BBB749", "#E0FBAC", "#C8E011", "#174546", "#FF3700", 
"#FF0072")

plot_bar_2 <-  function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, 
title = NULL, facet_grid = NULL, border_color = NA) 
{
mdf = psmelt(physeq)
p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack",  color = 
border_color)
p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
if (!is.null(facet_grid)) {
p <- p + facet_grid(facet_grid)
}
if (!is.null(title)) {
p <- p + ggtitle(title)
}
return(p)

data("GlobalPatterns")

gp.ch <- subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Crenarchaeota")
p <- plot_bar_2(gp.ch) 
r <- p + geom_bar(stat = "identity") 
ggplotly(r)

Как выглядят гистограммы без ggplotly

Как выглядят гистограммы ggplotly

Мне бы понравилось, если бы кто-нибудь помог мне понять, почему появляются белые линии, когда я добавляю ggplotly, и если есть какой-нибудь способ, которым я могу это исправить. Это всего лишь один пример барных графиков. Там не имеет смысла, чтобы быть белые линии, так как все это одна заливка. СПАСИБО!

...