Вам нужно сбежать с \\
test <- "7004164110000000000¦16,411"
gsub("\\¦", "", test)
[1] "700416411000000000016,411"
РЕДАКТИРОВАТЬ: Да, это работает и для столбца:
> gsub("\\¦","",c("7007301655000000000¦30,165,500[6]", "7007241833000000000¦24,183,300[8]", "7007217070000000000¦21,707,000[10]", "7007150292310000000¦15,029,231[11]"))
[1] "700730165500000000030,165,500[6]" "700724183300000000024,183,300[8]"
[3] "700721707000000000021,707,000[10]" "700715029231000000015,029,231[11]"
РЕДАКТИРОВАТЬ 2: заменив символ в соответствии с предложением @hrbrmstr, для вас должно работать следующее:
stringr::str_replace(c("7007301655000000000¦30,165,500[6]", "7007241833000000000¦24,183,300[8]", "7007217070000000000¦21,707,000[10]", "7007150292310000000¦15,029,231[11]"),
+ "[^[:ascii:]]+","")
[1] "700730165500000000030,165,500[6]" "700724183300000000024,183,300[8]"
[3] "700721707000000000021,707,000[10]" "700715029231000000015,029,231[11]"