Глядя на документы https://mongoosejs.com/docs/api.html
findByIdAndRemove
не относится к прототипу, я думаю, это означает, что они намереваются получить прямой доступ к модели:
, например
const Example = mongoose.model('Example',
new mongoose.Schema({
description: String
})
);
Example.findByIdAndRemove({}, (err, doc) => {})
Это имеет смысл, поскольку было бы немного неудобно использовать конкретный экземпляр DTO для доступа / изменения другого экземпляра.