Да, эти функции будут удалены (или, скорее: больше не будут присутствовать): они добавляются динамически плагином при загрузке страницы. Так что если плагин больше не будет, этого больше не произойдет.
Если ваш веб-сайт статичен, вы можете скопировать соответствующие метатеги HTML для SEO из заголовка, когда плагин активен, вставить их в свой код (т. Е. В файл header.php) и затем деактивировать плагин. Но вам придется делать это для каждой страницы отдельно (что противоречит концепции наличия одного header.php файла для всех страниц). Но все это довольно простая теория для сайта Wordpress (я бы не стал пробовать это).