Все зависит от ситуации; как выглядят ваши данные и как вы собираетесь их искать.
Каждая таблица определенно нуждается в первичном ключе. Нужно ли кластеризовать PK или нет, зависит от того, есть ли у вас столбец, на который проще кластеризовать индекс. (Кластерный индекс должен быть размещен в столбце, значение которого не изменяется и увеличивается постепенно, а это означает, что следующее значение должно быть выше предыдущего значения).
Где размещать индексы и какие типы индексов, порядок столбцов в вашем индексе и необходимость использования «включенных столбцов» зависят от ситуации, и вам необходимо провести некоторый анализ по этому вопросу.