Частичная корреляция для вмененных данных с использованием мышечных добавок - PullRequest
Новая
       35

Частичная корреляция для вмененных данных с использованием мышечных добавок

0 голосов
/ 11 января 2019

Как рассчитать частичную корреляцию для вмененного набора данных с использованием мышиных добавок?

Я пытался вычислить частичную корреляцию для вмененного набора данных, используя мышечные добавки. Однако когда я сравниваю p-значения для аналогичной модели lm, они различаются. Поэтому я думаю, что с моим кодом что-то не так. 

#Reproducible example
library(missForest)
library(mice)
library(miceadds)
library(ppcor) # edit: for pcor.test

data <- iris #Get the data
iris.mis <- prodNA(iris, noNA = 0.1) #introduce missings
imputed <-mice(iris.mis, m = 5, maxit = 5, method = "pmm") #impute data

#partial correlations
covar <-as.formula(~Petal.Length)
part_correlations<- miceadds::micombine.cor(mi.res=imputed, variables = c('Sepal.Length', 'Sepal.Width'), partial = covar)

#Check compatibility with lm
with_testi <-with(imputed, lm(Sepal.Length~Sepal.Width+Petal.Length))

#get results
summary(pool(with_testi))
part_correlations

#Example: correlations for not imputed data (pvalues are same)
pcor_res<-pcor.test(data$Sepal.Length,data$Sepal.Width,data$Petal.Length)
lm_res<- lm(data$Sepal.Length~data$Sepal.Width+data$Petal.Length)

Я бы ожидал, что p-значения будут такими же между частичной корреляцией и lm, как в примере без вменений

...