Если вы планируете переписать все с нуля, нет ничего плохого в том, чтобы сделать чистый перерыв и архивировать старый репозиторий.
Однако я предполагаю, что вы захотите сохранить большую часть бизнес-логики и переместить / скопировать файлы в новые места в структуре и захотите сохранить историю, чтобы помочь выяснить, почему что-то было сделано определенным образом.
Самое простое решение - переместить все текущих файлов в одну папку "old" и запустить новый проект в том же репо. Поскольку вы реализуете новую функциональность, удалите старые файлы с измененными параметрами, не пытайтесь одновременно поддерживать оба проекта активными, для этого предназначены ветки и старые коммиты. Если вы внимательно относитесь к этому, вы получите «индикатор выполнения» того, насколько вы близки к завершению рефакторинга: когда «старая» папка пуста, все реализовано в новой структуре.
Когда вы копируете большие части файлов, git делает разумную работу по обнаружению этого и предоставлению последовательной истории кода.
Существует более сложное решение: git позволяет вам иметь несколько корней источника. Это в основном для слияния двух существующих проектов, хотя и не совсем применимо здесь.