Возможно, в определенной степени. Вы не можете сделать это только с MSI. Примером этого являются установочные пакеты Microsoft .NET; пакет "полной установки" имеет поддержку x86, x64 и ia64. Тем не менее, этот установщик использует процесс начальной загрузки, чтобы сделать это; у него есть отдельная программа, которая точно определяет, что устанавливать, а затем устанавливает ее. Внизу вам все еще нужны 32-битные MSI и 64-битные пакеты MSI.
Будьте предупреждены, хотя; архитектура загрузчика вашего установщика будет определять, на что он может быть установлен. Если это загрузчик на основе x86, то он будет работать только на 32-битных и 64-битных окнах, на которых установлен WOW64 (съемный вариант с Win2k8 R2) и может вообще не работать на платформах ia64!
На самом деле гораздо проще предоставить отдельные установщики, что просто не стоит их объединять. Вы удвоите или утроите размер установщика, что может просто отключить некоторых клиентов. Если это внутренний инструмент, то у него нет никаких недостатков - наличие необработанного msi позволяет намного больше (удаленной) установки.
Короче говоря: да, вы можете, но не с MSI.