Вы используете формат страницы по умолчанию (A4) и ориентацию.
Ваш код не заботится о размере импортируемых страниц и просто добавляет портретные страницы формата A4:
$new_pdf->AddPage();
$new_pdf->useTemplate($new_pdf->importPage($pagesDone));
Вы просто должны добавить страницы в правильном размере и ориентации:
$tplId = $new_pdf->importPage($pagesDone);
$size = $this->getTemplatesize($tplId);
$new_pdf->AddPage($size['w'] > $size['h'] ? 'L' : 'P', [$s['w'], $s['h']]);
$new_pdf->useTemplate($tplId);
PS: сценарию, который вы используете (TCPDI), кажется, несколько лет. Для этой задачи вы можете использовать последнюю официальную версию FPDI .