AVI имеют атрибут dwStart для задержки потока, но ffmpeg в настоящее время исправляет это значение до 0.
Remux to MP4, где ffmpeg напишет список редактирования для его реализации. Такие игроки, как WMP, которые не обрабатывают список редактирования, не влияют на задержку.
ffmpeg -i audio.avi -itsoffset 3.0 -i audio.avi -map 0:v -map 1:a -c copy sync.mp4
Пока вы копируете входное содержимое, любая цель будет без потерь по отношению к источнику.