Существует различие между файлами в файловой системе и ресурсами в пути к классам. В общем случае исходный файл .java не будет скопирован / добавлен в путь к классам.
Для класса foo.bar.Baz
и ресурса foo/bar/images/test.png
можно использовать
Baz.class.getResourceAsStream("images/test.png")
Baz.class.getResourceAsStream("/foo/bar/images/test.png")
Как видите, пути пути к классам , возможно внутри файлов .jar.
Использовать пути к файловой системе:
Path path = Paths.get(".../src/main/java/foo/bar/Baz.java");
InputStream in = Files.newInputStream(path);
List<String> lines = Files.readAllLines(path);
List<String> lines = Files.readAllLines(path, StandardCharsets.ISO_8859_1);
Files.copy(path, ...);