Для отключения docker необходимо отключить docker.socket и docker.service при запуске:
(это было опробовано в Ubuntu 16.04 LTS, и оно должно работать и на других платформах Linux, в Windows должно быть что-то эквивалентное этой команде)
sudo systemctl disable docker.service
sudo systemctl disable docker.socket
После этого docker0 (и другие возможные устройства, добавленные docker) не будут отображаться при запуске системы.