В проекте Java EE, где должен быть файл web.xml?
web.xml
project/WebContent/WEB-INF
project/webapp/WEB-INF
project/src/main/WebContent/WEB-INF
project/src/main/webapp/WEB-INF
Есть способ изменить это?
Это зависит от выбранного вами аспекта динамического веб-модуля и конфигурации веб-ресурсов в свойствах проекта.