Я предполагаю, что для каждого документа есть свойство _id. Вы можете попробовать выполнить запрос ниже:
db.books.aggregate([
{$project: { _id: 1, characters: 1 } },
{$unwind: "$characters" },
{$group: {_id: { _id: "$_id", name: "$characters.name" }, count: { $sum: 1 }}},
{$match: {"count" : { $gt: 1 }}}
])
Результат должен выглядеть так:
{ "_id" : { "_id" : ObjectId("someid"), "name" : "Anne" }, "count" : 2 }
Дайте мне знать, если это работает.