Я бы порекомендовал добавить столбец parent_company (nullable) в таблицу компаний и связать его с идентификатором компании. Как я полагаю, у вас не будет нескольких материнских компаний для дочерней компании, поэтому нет смысла создавать новую таблицу. Для многих со многими вам понадобится новая таблица.
Вы можете создать ссылку на внешний ключ, как это
ALTER TABLE company ADD COLUMN parent_company INT UNSIGNED NULL, ADD FOREIGN KEY fk_parent_company REFERENCES company(id)
Используйте UNSIGNED, если идентификатор вашей таблицы имеет атрибут UNSIGNED. По сути, вы должны следовать точным атрибутам столбца для нового столбца, за исключением того, чтобы сделать его обнуляемым.
Надеюсь, это поможет.