При использовании signatureConfig версии подписи v1 и v2 по умолчанию включены из Gradle 2.2
Как указано в блоге разработчика Google здесь
Если вы хотите отключить добавление подписей v1 или v2 при сборке с помощью плагина Android Gradle, вы можете добавить эти строки в раздел signatureConfig в build.gradle:
v1SigningEnabled false
v2SigningEnabled false
Примечание: обе схемы подписи включены по умолчанию в Android Gradle
плагин 2.2.