Похоже, вы говорите, что у вас есть CSS, который ориентирован на вашу страницу макета, что также (нежелательно) влияет на ваши взгляды?
Как вы правильно сказали, @RenderBody просто вставляет содержимое вашего представления на страницу макета, и получается целый документ. Любой CSS или JavaScript будет влиять на всю страницу. Однако вы можете контролировать, на какие элементы он влияет, и я считаю, что это ваша проблема.
Вам просто нужны более конкретные селекторы в вашем CSS.
Например, если у вас есть div на главной странице, для которого вы хотите создать рамку:
div { border: 1px solid black; }
<div></div>
Было бы плохо, так как это повлияло бы на каждый div на странице. Попробуйте создать классы и применить их к своим элементам, например ::10000
.div-black-border { border: 1px solid black; }
<div class="div-black-border"></div>
Та же логика может быть применена к вашим селекторам javascript (при условии, что это проблема).