Получение ошибок при установке пакета glmnet с использованием R studio - PullRequest
Новая
       5

Получение ошибок при установке пакета glmnet с использованием R studio

0 голосов
/ 05 ноября 2018

Я пытался установить glmnet пакет из RStudio . У меня Ubuntu 18.04 работает в моей системе. Это команда, которую я использовал 

install.packages("glmnet", repos = "http://cran.us.r-project.org")

Я не смог установить пакет. Ниже приведено сообщение об ошибке. 

Installing package into ‘/home/vamshi/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/glmnet_2.0-16.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3882584 bytes (3.7 MB)
==================================================
downloaded 3.7 MB

* installing *source* package ‘glmnet’ ...
** package ‘glmnet’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gfortran   -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-oNcpyf/r-base-3.5.1=. -fstack-protector-strong  -c glmnet5dp.f -o glmnet5dp.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-oNcpyf/r-base-3.5.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c glmnet_init.c -o glmnet_init.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o glmnet.so glmnet5dp.o glmnet_init.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR
/usr/bin/x86_64-linux-gnu-ld: cannot find -lgfortran
collect2: error: ld returned 1 exit status
/usr/share/R/share/make/shlib.mk:6: recipe for target 'glmnet.so' failed
make: *** [glmnet.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘glmnet’
* removing ‘/home/vamshi/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/glmnet’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘glmnet’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpwiFSth/downloaded_packages’

Пожалуйста, помогите мне. Я также пробовал install.packages("glmnet",dependencies="TRUE"), но все еще получаю ошибки при установке.

@ saisaran

Вывод sessionInfo () выглядит следующим образом: 

R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.1 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ISLR_1.2

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.1 tools_3.5.1

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 20 декабря 2018

У меня была такая же проблема. Вероятно, потому, что у вас не установлен libgfortran6. Если вы используете Arch Linux или Manjaro, просто установите libgfortran6 с: 

pacman -Syu libgfortran6

Но по какой-то причине источник по умолчанию в aur не работает, вам нужно использовать git: //gcc.gnu.org/git/gcc.git#commit=878763634f0a75699559b3c0b90d466954a6510f в качестве источника.

0 голосов
/ 05 ноября 2018

Проблема здесь

gfortran -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map = / build / r-base-oNcpyf / r-base-3.5.1 =. -fstack-protector-strong -c glmnet5dp.f -o glmnet5dp.o gcc -std = gnu99 -I "/ usr / share / R / include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map = / build / r-base-oNcpyf / r-base-3.5.1 =. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror = format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -g -c glmnet_init.c -o glmnet_init.o gcc -std = gnu99 -shared -L / usr / lib / R / lib -Wl, -символические -функции -Wl, -z, relro -o glmnet.so glmnet5dp.o glmnet_init.o -lgfortran -lm -lquadmath -L / usr / lib / R / lib -lR / usr / bin / x86_64-linux-gnu-ld: не удается найти -lgfortran

make: gfortran: не могу найти -lgfortran

У вас либо нет компилятора фортрана, либо он недоступен для вашего экземпляра R. Как это исправить, зависит от вашей операционной системы,

Решение: -

Введите эти две строки в своем терминале, прямая кавычка:

завиток -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 sudo tar fvxj gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /

Он загрузит вам gfortran for Mavericks (который в данный момент отсутствует в вашей системе) и установит его в вашу систему. По крайней мере, это решит вашу проблему.

...