Решением, с которым я сейчас столкнулся, является вызов:
db.update("SET SCRIPTFORMAT COMPRESSED;");
для сохранения файла .script в нечитаемой форме и:
db.update("SET PASSWORD password;");
, чтобы не позволить более опытным пользователям открывать БД с помощью собственного клиента HSQLDB.