Было бы интересно получить дополнительную информацию о том, как вы создаете ссылки.
Первое, что нужно проверить, это то, что приложение правильно создано в IIS, что, я полагаю, так и есть. (Если нет, вы, вероятно, получите ошибки из вложенных файлов web.config)
Во-вторых, URL должны создаваться так, а не напрямую:
<%= Url.Content("~/yourpath/yourfile.css") %>
Может быть, этот вопрос о Url.Content показывает вам больше вариантов. Также проверьте документацию MSDN по UrlHelper и HtmlHelper .