Вам необходимо создать вложенные списки по []
:
dframe1 = pd.DataFrame([[1,np.nan,2,np.nan],
[np.nan,3,np.nan,4],
[5,np.nan,6,np.nan]],
columns = ['a','b','c','d'],
index = [1,2,3])
print (dframe1)
a b c d
1 1.0 NaN 2.0 NaN
2 NaN 3.0 NaN 4.0
3 5.0 NaN 6.0 NaN