Я думаю, что вы правы, чтобы быть осторожным в целом. Однако MSDN, утверждая, что они могут быть разделены, является контрактом для нас, программистов. Они не могут сказать «поделись сегодня», а потом «больше не завтра», не взломав много программного обеспечения.
Аналогичным образом, для того, чтобы x64 и 32-битное программное обеспечение работало одновременно на данной машине, и чтобы все могли ладить друг с другом, HWND (и многие HANDLE) должны оставаться 32-битными и совместимыми.
Полагаю, я говорю, что это очень безопасная ставка, по крайней мере, на время существования Windows 7, и, вероятно, Windows "следующая".