JNDI (который используется для поиска произвольных объектов, таких как фабрики соединений JMS, фабрики соединений JDBC, EJB и т. Д.), На 100% независим от JMS (API обмена сообщениями). Спецификация JNDI и спецификация JMS совершенно разные и реализуются по-разному. Поэтому и JNDI, и JMS каждый нуждаются в собственном способе защиты своего общения. Свойство com.webMethods.jms.naming.keystore используется для защиты связи JNDI, а com.webMethods.jms.ssl.keystore используется для защиты связи JMS.