Все делается во время соединения.
Если вы используете динамическое связывание, вы можете указать версию библиотеки, с которой будете связывать, в зависимости от компилятора. Например, см. Этот вопрос о том, как это делается с GCC.
Если вы используете статическое связывание, то знаете, какую версию вы создаете, потому что вы сами добавили источник в дерево вашего проекта, и вы должны собирать библиотеку каждый раз, когда создаете свой исполняемый файл.
Вы не можете получить версию leptonica из API.