В верхней части дерева, попробуйте запустить:
git index-pack .git/objects/pack/PACK_FILENAME
где PACK_FILENAME - имя вашего файла пакета. Например, репозиторий, на котором я пробовал это, имел путь:
.git/objects/pack/pack7e0af787b3e455fac722264ff05dd0bae7d71625.pack
Вы должны сделать это для каждого файла пакета, и ваш репозиторий должен снова быть в рабочем состоянии.