Вы близки, я думаю, все, что вам нужно сделать, это добавить предложение where, например:
SELECT id, COUNT(*) as Counted
FROM table
WHERE PrimaryFlag = 1
AND[status] = 'P'
GROUP BY id
РЕДАКТИРОВАТЬ: если вам нужно сосчитать только отдельные идентификаторы, попробуйте:
SELECT COUNT(t.ID) FROM
(
SELECT id, COUNT(*) as Counted
FROM table
WHERE PrimaryFlag = 1
AND[status] = 'P'
GROUP BY id
) as t