Не знаю точно, что вы имеете в виду под "гистограммой с точками", но то, что вы описали, звучит как напоминание мне о набеге морского волка:
sns.swarmplot(x="day", y="total_bill", data=tips);
Документация Swarmplot здесь: https://seaborn.pydata.org/generated/seaborn.swarmplot.html
Видя ваши изменения, кажется, что, возможно, это больше того, что вы ищете:
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
from collections import Counter
data = np.random.randint(10, size=100)
c = Counter(data)
d = dict(c)
l = []
for i in data:
l.append(d[i])
d[i] -= 1
plt.scatter(data, l)
plt.show()
Лично я считаю, что Swarmplot выглядит намного лучше, но все, что плавает на вашей лодке.