Как указывает @MartinHonnen, синтаксические анализаторы XML необходимы для нормализации концов строк до одного символа NL, поэтому к тому времени, когда XSLT видит содержимое, символы CR уже исчезли.
Правила сериализации для XSLT позволяют процессору выводить окончания строк как CRLF, а не как один NL, но это не сильно поможет вам, если выбранный вами процессор не предлагает эту опцию - и я не знаю все, что делает.
(Выходной параметр saxon:newline
, упомянутый @MartinHonnen, влияет только на метод вывода текста, но не на методы вывода HTML или XML.)
Я думаю, что самое простое решение: не просматривать XML в NotePad. На платформе Windows есть множество утилит, которые с радостью отображают файлы с окончаниями строки NL, NodePad - единственная, которая этого не делает.