Прошлой ночью, когда я спал, меня поразило. Неудивительно, что это была глупая проблема, связанная с плохой конфигурацией, хотя я довольно удивлен тем, что она дала свои результаты. Наверное, я мало что знаю о внутренностях Thinking Sphinx.
Недавно я мигрировал серверы. sphinx.yml выглядел так:
production:
bin_path: '/usr/local/bin'
host: mysql.mysite.com
На новом сервере MySQL был просто локальной службой, но я забыл удалить эту строку. Интересно, что ручная переиндексация граблей по-прежнему работала просто отлично. Я заинтригован тем, что Thinking Sphinx не выдавал ошибку при попытке перезагрузить дельты, поскольку mysql.mysite.com больше не существует, хотя это и было источником проблемы.
Спасибо за вашу помощь, и извините, что поднял такую глупую проблему.