Если я использую mongodb в проекте django с помощью стороннего API djongo, должен ли я снова использовать команды migrate и makemigrations n, когда я изменяю свои модели ??
Полагаю, вы имеете в виду этого джонго https://nesdis.github.io/djongo/integrating-django-with-mongodb/ - Вы запускаете интеграцию только один раз. Как только вы настроите его и будете работать, Django будет вынужден хранить все в MongoDB. - Поэтому, когда вы вносите изменения в свои модели, изменения принудительно вносятся в вашу MongoDB.