Для проблемы, которую вы пытаетесь решить, уже есть встроенная функция isapprox , которая сравнивает значения для заданного допуска (epsilon в вопросе).
if isapprox(J, J2; atol=epsilon, rtol=0) будет сравнивать элементы в J с элементами в J2 и вернет true, если абсолютная разница между каждой парой элементов меньше заданного значения atol.