Хм, хорошо, не уверен, что это лучший способ сделать это, но я склонен иметь файл шаблона, который содержит заголовок, нижний колонтитул, меню, левую сторону, правую сторону и все остальное не относится только к одной странице, включая все JS включает и тому подобное.
И тогда у index.php просто будет переменная содержимого, в которую входит все содержимое индекса. В конце индекса я затем запрашиваю файл шаблона, который помещает переменную «содержимое» внутрь, где она принадлежит, и тада, все ваши головные боли прошли.