Слияние в git имеет две опции, которые могут по умолчанию использовать удаленные изменения (их) или локальные изменения (наши).
Если вы хотите разрешить конфликты только с удаленными изменениями в слиянии, вы должны сделать следующее:
git merge -Xtheirs <branch>
Если вы хотите разрешить конфликты только с локальными изменениями в слиянии, вы должны сделать следующее:
git merge -Xours <branch>
Более подробную информацию о стратегиях слияния можно найти в документации по git advanced слияние .