Во-первых, это, вероятно, потому что файлы еще не были извлечены. Если вы сделаете это перед запуском обновления, TFS увидит эти изменения.
Во-вторых, вы можете использовать TFS Power Tools (доступны от MS) для проверки локального репозитория на наличие изменений, которые не были распознаны. Если обнаружены различия, power toys сбрасывает состояние файла, поэтому в окне «Ожидающие изменения» изменения видны. это не требует от вас извлечения файлов, оно сделает это за вас, если есть различия.
Довольно изящный.
Электроинструмент на 2008 год находится здесь: http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=15836
и вы ищете команду "Онлайн":
"Онлайн-команда - используйте онлайн-команду для создания отложенных изменений для записываемых файлов, которые не имеют ожидающих изменений."