Если я удалю файл settings.job из запущенной папки WebJob, будет ли это останавливать его снова, пока я не верну файл settings.job обратно?
settings.job
при удалении будут предоставлены настройки по умолчанию. в зависимости от типа триггера, например, если cron планировщик, он не запустится снова. Лучший способ - экспериментировать, как он себя ведет.