Короче говоря, транспиляция - это дорогостоящий процесс, и во многих проектах тысячи (если не сотни тысяч) строк кода, импортированных в этот babel, должны быть переброшены. Ваши node_modules уже должны быть запущены без переноса, как уже было сказано, и есть простые способы исключить ваши node_modules, но перенести любой код, который в этом нуждается. Смотри https://github.com/babel/babel-loader/issues/171.
Я видел много споров о том, должен ли разработчик использовать работу приложений для переноса библиотеки или ответственность разработчика библиотеки. Большая часть времени выполняется для поддержки браузеров, и создатель библиотеки не знает, какие браузеры вам нужно поддерживать, поэтому они в конечном итоге либо переносятся, либо не переносятся, оставляя это в ваших руках. Если они переносятся в ES5, то вы - золотой, если нет - обычно это достаточно простая задача, чтобы выяснить, какие библиотеки вызывают проблемы, и перенести их самостоятельно