Неясный вопрос. Неопределенный ответ. Это должно работать, если вы создаете новую / пустую структуру.
MyStruct struct = new MyStruct();
MyStruct[] structs = (MyStruct[]) struct.toArray(3);
myobject.structTable = structs; // Java Object pointing to structure array
long cPointer = Pointer.nativeValue(structs[0].getPointer()); // C pointer address