Вы не можете вручную изменить большинство цветов в MySQL Workbench. В зависимости от платформы, на которой вы работаете, можно изменить тему ОС, и приложение будет следовать. В Windows + Linux вы можете использовать различные темы, включая светлый текст на темном фоне. На macOS пока что не было тем и только недавно (с Мохаве) темный режим стал доступен для масс. Этот режим в настоящее время не поддерживается, но будет в следующей версии.