ОК, не самое чистое решение, но это наименее болезненный путь, который я нашел
Переименуйте последнюю частичную миграцию в базе данных в имя объединенной миграции и удалите другие частичные миграции
Это нужно сделать до процесса обновления, что очень жаль, но количество установок не так велико, так что это выполнимо.
Альтернативным подходом было бы запустить скрипт, который делает это до применения миграций, но я не хотел бы, чтобы одноразовые скрытые хаки были частью проекта