Если ваш запрос в порядке и каждый из них возвращает именно тот результат, который вам нужен, и теперь вы просто хотите получить только количество строк, тогда лучше использовать count_all_results()
.. и быть в безопасности и сбросить конструктор запросов до того, как сделать еще один запрос:
...
$r1= $this->db->count_all_results();
$this->db->reset_query();
...
$r2= $this->db->count_all_results();
Они оба должны возвращать количество результатов, если ваш запрос в порядке, а затем просто добавить их:
$sum = $r1 + $r2;